曾有被认为非常可信的科学推论指出，瑞士奶酪中的孔洞是细菌释放的二氧化碳造成的，但随后被科学家的新发现证明这不正确。据悉，瑞士的一个实验室证明孔洞的始作俑者是乾草上的脏东西。这些肉眼看不到的物质，掉进装生乳的桶里，在奶酪制作的过程中，形成孔洞。
实验证明，奶酪上孔洞的始作俑者是乾草上的脏东西。
这个发现也解释了为什么过去15年来，瑞士奶酪里面的洞变少了，那是因为挤牛乳的作业已经现代化，减少了稻草掉进桶里污染生乳的机率。瑞士研究人员则是透过在牛乳中添加少量乾草上的粉灰，经过130天时间制作，生產出奶酪的这个过程，发现了其中的真相。
并不是所有种类的瑞士奶酪，都会有孔洞。
瑞士奶酪里面的孔洞是细菌造成的这种理论，是从1917年就开始流传，当时是由一个名叫克拉克的美国科学家所发表，但并不是所有种类的瑞士奶酪，都会有孔洞。此外，乳制品业者把奶酪里面的孔洞称之为「眼睛」，若一块奶酪没有「眼睛」，就会被戏称为「瞎子」。